Capable de digérer de nombreux groupes d'aliments, la souris domestique se présente donc comme un rongeur omnivore, bien que la majeure partie de son alimentation se compose essentiellement de graines.

On parle donc de régime granivore à tendance omnivore.

Ainsi, la souris est capable d'ingérer des aliments d'origine végétale et animale, selon des besoins nutritionnels qui lui sont propres.

A la différence du cobaye, rongeur herbivore, la vitamine C est synthétisée par l'organisme de la souris ; et il est donc inutile de lui en apporter quotidiennement.

De par sa tendance sédentaire naturelle, la souris domestique est soumise  à un risque d'obésité important, et ce d'autant plus en cas de mélange déséquilibré. Le taux de lipides doit ainsi être limité, et adapté selon l'activité (entretien, gestation, allaitement) de la souris.

A l'entretien, un mélange devra idéalement atteindre les taux suivants :

Source : Les rongeurs de compagnie : conditions de vie, alimentation et pathologies associées, Patricia GAUGY

A savoir qu'à partir de l'âge d'un an, la souris domestique passe dans la gamme Seniors, ce qui implique une modification de son alimentation.

Afin d'éviter notamment des problèmes rénaux occasionnés par une hyperprotéinémie, le taux de protéines ne devra pas dépasser 14%, et seront uniquement de nature végétale.

Dans le cas où vous ne pouvez financièrement pas opter pour une alimentation remplissant cette condition, il vous est possible de vous tourner vers une autre solution. Celle-ci consiste en l'ajout d'un « chélateur  » de phosphore alimentaire (disponible sans ordonnance chez votre vétérinaire) qui est chargé de le capter puis de l'éliminer dans les selles.

Est également utile une complémentation à base de vitamines, d'oligo-éléments (sélénium) et de minéraux.